威士忌酵母是长发酵，会发展出更多的花果香特征，对于酵母的选择和整个发酵过程的控制是非常严格的，威士忌酵母菌更注重对于风味的影响，威士忌生产中，当粗麦汁糖化差不多完成后，就会在其他同样爱吃糖的杂菌开始生长之前，投入酵母。而一般的酵母是短发酵，会带来更多的坚果类香气。
酒类酵母分为酒精酵母、生香酵母、威士忌酵母。酒精酵母又分为小曲酒酵母、大曲酒酵母、小麦酒精酵母、甘蔗酒精酵母。
威士忌酵母可选用特殊的蒸馏酵母，或者啤酒酵母和蒸馏酵母的混合，蒸馏酵母比啤酒酵母便宜不少，而且非常高效，能在短时间发酵完毕迅速提升酒精度至蒸馏水平。短则30-40小时发酵完毕，长也不过160小时。
威士忌只需要含有糖化酶的麦芽来糖化淀粉，再加入酵母进行酒精发酵。它的糖化发酵参与者很少。所以，其风味物质种类比较少。
