1、呼吸：这是主要功能，鳃丝表面布满微细血管，水中溶氧通过血管进入血液，起呼吸作用。
2、排泄器官：海水真骨鱼类鳃中含有泌氯细胞，泌氯细胞可分泌氯化物，因此海水鱼类可以生活在高盐度的海水中而淡水硬骨鱼鳃可以吸收淡水中的氯化物，达到鱼体水盐平衡。
3、滤食：特别是浮游生物食性的鱼类，水中的浮游生物通过鳃丝过滤，进入口腔进行摄食。例如鲢鱼、鳙鱼是完全靠鳃来摄食的。
深海中的鱼属于高水压压强下生活的深水鱼。鱼鳃的主要功能主要是用来进行气体交换。帮助深海鱼在海水中获取氧气。鱼鳃的结构是鳃弓和鳃耙。上面布满了类似哺乳动物肺泡一样的气泡，用来排除体内的二氧化碳气体。通过血液循环摄入水体中的氧元素完成呼吸的全过程。
