1、杀菌机理不同
百菌清是一种广谱性杀菌剂，没有内吸性，以触杀作用为主，是一种保护性杀菌剂，对多种病害起预防和保护作用，没有治疗作用。喷施后，能在植物叶片上形成一层保护膜，叶片上的病菌接触药剂后，百菌清能与病菌细胞中的各种酶结合，破坏酶的活力，使真菌细胞的代谢受到破坏而丧失生命力。达到杀灭病菌的目的。
百菌灵也是一种广谱性杀菌剂，具有很好的内吸传导作用，是一种具有保护和治疗作用的杀菌剂，对多种真菌病害有很好的保护和治疗作用。喷施后，药剂能被作物的根、茎、叶吸收，并在植株体内传导，并通过韧皮部传输到植株的各个部位，通过干扰病原菌有丝分裂中纺锤体的形成，使细胞分裂中断，起到杀菌作用。
2、施药方式不同
百菌清由于不具有内吸性，施药方法比较单一，主要用于喷雾和制成烟剂进行熏烟。
百菌灵由于具有很好的内吸性，能被植株的根、茎、叶等部位吸收，因此，施药方法多样。多菌灵不但能用于喷雾，也可用于拌种，土壤处理等多种施药方式。
3、抗药性不同
百菌清主要是在叶片上形成保护膜，在作物表面与病菌细胞中的酶结合，达到杀菌的作用，不易诱发病菌产生耐药性。
百菌灵由于持效期较长，在植株体内能长时间存在，就很容易使病菌产生耐药性，从而产生抗药性。
4、持效期不同
百菌清喷施后主要在作物叶片上形成一种保护膜，达到防治病害的目的，在雨水冲刷、阳光照射等作用下，保护膜很容易破裂，保护作用也就没有了。持效期一般只有7天左右。
百菌灵内吸性好，能被植株吸收并在体内传导，并长时间在植株体内存在，因此，能持续杀菌，持效期一般在15天以上，用于拌种和土壤处理，被根系不断的吸收，持效期更长，一般可达50天以上。
5、混配方式不同
百菌清是一种保护性杀菌剂，没有治疗作用，为弥补这方面的不足，在生产上常与治疗性药剂混配，达到保护治疗的作用。
百菌灵是一种保护和治疗性杀菌剂，容易产生抗药性，多与其它治疗效果较好的杀菌剂混配，是防止病菌抗药性，扩大杀菌范围进行混配。
6、使用时期不同
百菌清是一种保护性杀菌剂，一般在作物病害发生前喷施。病害发生后使用效果不好。
百菌灵是一种保护和治疗性杀菌剂，在作物病害发生前和发生后均可使用
