二者的区别：
1、生物菌剂是指目标生物经过工业化生产扩繁后，利用多孔的物质作为吸附剂，吸附菌体的发酵液加工制成的活菌制剂。这种菌剂具有直接或间接改良土壤、恢复地力、预防土传病害、维持根际微生物区系平衡和降解有毒害物质等作用。
2、EM菌为一种混合菌。一般包括光合细菌、酵母菌、乳酸菌等等有益菌类。可用于食品添加，养殖病害防治，土壤改良、生根壮苗、污水治理等等。
em菌是由大约80种菌复配培养而成，有强大的分解能力。微生物菌肥是有机物通过菌剂（枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等等有益菌）充分发酵而成的肥料，有肥力强，改良土壤，抑制有害菌等等功效。
em酵素菌是一类能够产生多种酶的好气性细菌、酵母菌和霉菌组成的有益微生物群体。这些微生物对人畜无毒，使用安全。
酵素菌能产生多种酶，这些酶能在短时间内将有机物质分解，经酵素菌发酵堆制的酵素菌肥是一种理想的无公害生物肥料，这种肥料主要依靠微生物的新陈代谢活动发挥其肥效，具有肥效长、快的特点，能满足作物整个生长期对养分的需要，增产幅度大，成本低，是发展无公害蔬菜生产最理想的肥料。目前，使用的好旺农em菌就是em酵素菌生物菌。这种生物菌肥是由光合菌群，乳酸菌群，酵母菌群，革兰氏阳性放线菌群、酵素的丝状菌群组成。
