主要区别是灭杀对象不同。第一，多菌灵是用来杀灭各种细菌类生物药第二，而百虫灵是杀灭各种虫类的药物。
菌灵又名棉萎灵、苯并咪唑44号。多菌灵是一种广谱性杀菌剂，对多种作物由真菌（如半知菌、多子囊菌）引起的病害有防治效果。可用于叶面喷雾、种子处理和土壤处理等。
一个是杀菌作用，一个是杀虫作用。
多菌灵主要给农作物，植物，花草树木杀菌的。有防治效果，可以用于叶面喷雾，种子处理和土壤处理。
百菌灵主要成分为伊维菌素，丙硫苯咪唑。对人畜低毒的特点。主要用在农作物，田地里，果树上以杀虫为主。
区别是：多菌灵是治植物病菌杀菌济，而百虫灵是杀害虫的杀虫济。如果植物发生病害可施多菌灵杀菌，而如果发生了虫害施杀虫济灭杀害虫。
