1、本质不同
启动子的本质都百是DNA上的碱基对，起始密码子的本质是mRNA上相邻的三个碱基。
2、作用不同
启动子，能活化RNA聚合度酶，使之与模板DNA准确的结合并具有转录起始的特知异性，在启动子上有与RNA聚合酶结合的位点作用是控制基因转录的起始时间和基道因表达的程度。
起始密码子作用是翻译开始的地方。
3、在遗传信息表达中起专作用的时刻不同
启动子在DNA转录时起作用起始密码子在DNA翻译中起作用。
起始子在中学教材中叫起始密码，它位于信使RNA（mRNA）的起始部分的三个碱基。（决定氨基酸的排列顺序）。而启动子是位于DNA分子的基因中的前面部分。一个基因由编码区上游，编码区和编码区下游所组成，启动子位于编码区上游，终止子位于编码区下游。启动子含有RNA聚合酶结合位点。
启动子和起始密码子并无共同点。
启动子和起始密码最显著的区别在于：
启动子是dna片段。
而起始密码是rna上三个相邻的碱基。两者的组成单位，碱基的种类都有不同之处。
启动子位于基因编码区的上游的区域。
起始密码是需要基因编码区的部分通过转录后得到的rna上起始的三个相邻的碱基。
启动子是RNA 聚合酶识别、结合和开始转录的一段DNA 序列，它含有RNA 聚合酶特异性结合和转录起始所需的保守序列，启动子本身不被转录。
启动子的特性最初是通过能增加或降低基因转录速率的突变而鉴定的。启动子一般位于转录起始位点的上游。信使RNA即mRNA的开放阅读框架区中，每3个相邻的核苷酸为一组，代表一种氨基酸，这种存在于mRNA开放阅读框架区的三联体形式的核苷酸序列称为密码子。由腺嘌呤，鸟嘌呤，胞嘧啶，尿嘧啶四种核苷酸可组成64个密码子，其中有61个密码子可编码氨基酸。AUG既编码甲硫氨酸，又作为多肽链合成的起始信号，作为起始信号的密码子称为起始密码子。
