菠菜喜欢生长在温凉干燥的环境中，如果雨水过多，或者浇水量太大，土壤积水，导致菠菜根部无法正常呼吸，就会出现烂根的现象，同一块地连茬播种菠菜，会使土壤中的病菌累积，或是在菠菜生长期间，施加的有机肥料未经过发酵，使菠菜感染枯立病，也会导致菠菜烂根。
菠菜蓬蒿菜会烂根是由土壤中的细菌导致的。
导致植物病害因此，在菠菜的后期养护中，有必要进行换土和补植!菠菜适宜在肥沃松软的土壤中成长，因此在补植菠菜时宜选用有机质充沛、排水良好的砂壤土
原因1、菠菜苗期，大雨过后，土壤湿度大过大，通透性降低，根部无法进行正常的有氧呼吸，进入无氧呼吸，无氧呼吸产物主要为乙醇或者乳酸，根系无法继续发育，对根系造成腐蚀，从而出现“沤根”，表现出来的症状菠菜苗地表部分倒伏，根部腐烂。发生速度快，很难控制。
原因2、苗期病害导致，主要是立枯病，该病在很多作物（辣椒、茄子、烟草）苗期都会出现，症状是根部腐烂，茎基部成缢痕状，上部倒伏发黄，直至干枯死亡。一旦发病后再去防治的话，收效甚微。
原因3、重茬连作地块，土壤中立枯丝核菌含量高，病菌孢子会通过流水快速传播，继续种植菠菜的话，感染立枯病概率高，同时会伴随有猝倒病的发生。一旦遇到适合该病的发病条件，发病迅速、蔓延快。
菠菜出苗后的死苗烂根情况，是可以通过防治方案有效解决的，但是必须是提前防治，而不是等到发病后再去处理，亡羊补牢为时已晚。主要有以下解决方案：
1、化学方案：土壤消毒，施肥时候可以使用噁霉灵土壤处理剂，每亩按照厂家推荐的使用方法和用量，杀死土壤中大部分的立枯丝核菌也可以在菠菜出苗后，喷施30%甲霜.噁霉灵水剂进行土壤消毒，间隔7天，用药两次，降低苗期发病率
2、物理方案：处理土壤时候，在土壤中适量加入粗沙或者煤灰，目的是增加土壤颗粒空隙，加大通透性，遇到湿度大时候，降低死苗烂根的发生情况。春冬季节播种菠菜时候，可以在地表撒上一层草木灰。
3、农业防治：选择生茬田块进行种植，可以选择上茬是谷类作物的地块播种。如果不得不在重茬田块种植，必须做好土壤消毒工作。
