商务部 在国家部委层面，包括农贸市场在内的商品交易市场的行业主管部门是商务部。规定市场监管部门(原工商部门)作为商品交易市场主管部门的《城乡集市贸易管理办法》(1983年出台)已经废止，无其他法律、行政法规规定市场监管部门为主管部门。
全国各地的集贸市场大都归本地区的市场管理所管理，一般一个片区就有一个市场管理所，就是管理市场的行政单位。另外卫生和价格管理及食品和药监部门也会进入市场办公，所以集贸市场是由多个部门同时管理的，一般集贸市场大多有这些部门管理。
农贸市场管理中心归国家工商行政管理部门管理。
主要职责
（一）负责市场监督管理和行政执法的有关工作，起草有关法律法规草案，制定工商行政管理规章和政策。
（二）负责各类企业、农民专业合作社和从事经营活动的单位、个人以及外国(地区)企业常驻代表机构等市场主体的登记注册并监督管理，承担依法查处取缔无照经营的责任。
