因为菠菜种子果皮厚且坚硬，分为带刺或不带刺的，直接种植，由于厚厚的果皮阻挡，吸收水分比较慢，出芽也是均匀不等，比较迟，造成出苗参差不齐，整齐度较差。
将搓开口的菠菜种子，放入凉水中浸泡，水温大约15度左右，大约一天一夜，将种子捞出来，用纱布包好，放置在三度的环境下，进行低温冷藏，冷藏的时间一般在10~12个小时左右，对提高菠菜种子的发芽率，有很好地帮助，然后，取出种子，将种子放置在16~18度的遮光环境当中进行催芽，每天用干净水冲洗一下种子表面，秋冬季节用18至20度左右的温水冲洗，夏季则直接用清凉水冲洗即可。当种子有75%左右露白，就可以进行播种。
种子保存时基本上已经进入休眠期，要用的时候，直接用水浸泡会浪费一部分种子。只有唤醒种子，其萌发率较高，这也是一些农户种植菠菜分布不均匀的原因。
