首先，纯净水和蒸馏水的用处不同。纯净水，常用于日常生活用水及普通的工业生产用水。蒸馏水常用于化工、医药、电子等要求较高的精密生产中。
其次，纯净水和蒸馏水的电导率和电阻值不同。我国包装饮用纯净水的标准为电导率不超过100，正常的单极反渗透设备出水在10-100。而蒸馏水的电导率要求，一般会在0以下，电阻值在18.25兆欧。所以从水质上有很大差别。
最后，就是设备的配置差别，纯净水设备的一般配置是单极反渗透或双极反渗透。蒸馏水的配置，处理专用的蒸发设备外，目前市面上常用的是双击反渗透+EDI模块，或者是双极反渗透+混床离子交换柱。
