发源于六盘山东麓固原市原州区开城镇境内的黑刺沟脑，向北流经原州区、海原县、同心县、中宁县等县，在中宁的泉眼山西侧注入黄河。
清水河的源头，位于宁夏回族自治区固原市原州区开城镇六盘山北部黑刺沟脑，自南向北，流经原州区南郊、城关、沈家河水库、头营、杨郞、三营、黑城、七营等乡镇，从原州区北端七营镇盘河村出境。从都江堰市的仰天窝引水，流经郫县清河后，改称清水河，再经郫县、温江、高新区、金牛区、青羊区、武候区，在百花潭与锦江南河交汇。
清水河原在灌县马尔墩从岷江分水，李冰建都江堰时改由宝瓶口进水。从进水口至郫县两路口乡两河口一段为走马河，两河口以下为清水河，流入成都市郊名锦江
