开花会消耗花茎的营养，所以已经开花的肉苁蓉一般留作种用。
采收时，用铁锹在距已出土花絮20厘米处向下垂直挖掘，在挖到40～60厘米深后，用手将周围的沙土逐渐拨除，这时就可以看见肉苁蓉的肉质茎。接着，再用一头尖的竹片，将靠近肉苁蓉肉质茎周围的沙土轻轻地拨开，直到找到芽盘，然后一只手扶住肉质茎，另一只手用竹片迅速切下
苁蓉开花后要进行人工授粉提高结实率，5月肉苁蓉开花时套袋或人工授粉，授粉应分多次完成，在开花授粉时不能喷洒农药。
每年4-6月当肉苁蓉出土应及时采挖，采挖时尽量保证肉苁蓉的完整。为减少寄主植物损伤，在采挖时应选择肉苁蓉与寄主相连的外围挖坑至肉苁蓉底部，在不断开苁蓉与寄主的连接点的前提下，从连接点向上5-8cm截取上部，然后回填土稍加踩实。这样可保证肉苁蓉接种1次，稳产期达5-7年。
