三个。
三大展区：遗址展区、文化展区、藏经展区。
遗址展区主要展示大报恩寺的发展历程、寺庙遗址、画廊遗址及地宫出土文物，分别呈现：千年佛脉、千年对望、前世今生、水工遗址和义井、出土文物（石函、铁函、阿育王塔）等。
三个展区
大报恩寺位于南京市秦淮区中华门外，是中国历史上最为悠久的佛教寺庙，其前身是东吴赤乌年间（238─250年）建造的建初寺及阿育王塔，是继洛阳白马寺之后中国的第二座寺庙，也是中国南方建立的第一座佛寺，中国的佛教中心，与灵谷寺、天界寺并称为金陵三大寺，下辖百寺。[1][2]
大报恩寺是明成祖朱棣为纪念明太祖朱元璋和马皇后而建，明永乐十年（1412年）于建初寺原址重建，历时达19年，耗费248.5万两白银，十万军役、民夫。[21]大报恩寺施工极其考究，完全按照皇宫的标准来营建，金碧辉煌，昼夜通明。整个寺院规模极其宏大，有殿阁30多座、僧院148间、廊房118间、经房38间，是中国历史上规模最大、规格最高的寺院，为百寺之首。
三个
大报恩寺遗址博物馆南片区展示陈列空间，含括南画廊、大藏经展厅、临展厅三大展区，面临空间体量庞大，文物缺乏的现状。展陈设计尝试在没有文字展示、展品缺乏的情况下，设计一个历史性与当代性协调，故事性与创意性结合，艺术性与宗教性融合的新时代博物馆
