1、系统最大支持的单一文件容量不同：
NTFS：256TB、exFAT:16EB
2、文件系统最大格式化容量不同：
NTFS：2TB-256TB（受MBR影响，GPT分区格式可以更大）、exFAT:64ZB(理论值，目前支持到128PB)
3、簇的大小不同（根据存储设备磁盘、闪卡和硬盘的容量，簇的大小可以不同以使存储空间得到最有效的应用）
最大簇：NTFS：64KB、exFAT:32768KB
4、支持的操作系统同
NTFS：Windows2000之后exFAT:Windows CE6、Vista SP1、Windows 7之后。
