神舟十三号共有三部分组成，前部分是轨道舱，中间是返回舱、最后是推进舱，在撤离空间站组合体之后三舱一起在390公里高的轨道上绕地球飞行，大约是5圈消耗7.5个小时，此后神舟十三号进行第一次姿态调整掉转90度，从正常飞行姿态转换为垂直方向，之后进行轨道舱和返回舱的分离工作。
再之后进行第二次姿态调整，返回舱和推进舱继续掉转9度，在这里经过两次姿态调整返回舱转了个向，之后推进舱和返回舱进行降轨。在145公里高的轨道上返回舱和推进舱分离，返回舱开始进入大气层要经历“黑障区”，高速摩擦下返回舱犹如一个大火球，再经历牵引伞和主伞的打开，慢悠悠的向地面飘落，抛掉隔热大底，距离地面1米高的时候点火返推，神舟十三号返回舱安全着陆。
