位于一对同源染色体上，位置相同，控制相对性状的基因叫等位基因。在生物细胞中染色体和染色质只存在于细胞核中。原核细胞的拟核，真核细胞的线粒体和叶绿体中都不存在染色体。也就不存同源染色体和等位基因的问题。因此等位基因只存在于细胞核中。
因为基因在细胞核内的DNA分子上，所以等位基因只在细胞核中。
生物的遗传物质染色体在细胞核中，一条染色体中有一个DNA分子，一个DNA分子有许多含有遗传信息的片段即是基因。在体细胞的细胞核中染色体是成对存在的，因此基因也是成对存在的，在一对染色体的相同位置的控制同一性状的基因我们称作等位基因。
