区别主要有三方面：
一、组成不同
1、青企会：全国性的青年企业家群众组织。
2、青商会：由青年企业家、经营管理者以及工商界中具有代表性的青年人士等自愿组成的非营利性组织。
二、作用不同
1、青企会：是共青团联系青年企业家的桥梁和纽带，是中华全国青年联合会和中国企业联合会（中国企业家协会）的团体会员。
2、青商会：致力于打造国际化交流平台，在遵守宪法、法律法规、国家政策基础上，按照建立社会主义市场经济体制的要求，以会员的实际需求为导向，通过开展“政府直通车”服务、“营销联盟”服务、“产学联盟”服务等业务，沟通政府与企业、企业与企业等方面为会员的全面发展提供服务，为会员全面参与加快“人文北京、科技北京、绿色北京”建设和推进世界城市建设、提升会员在国际交流与合作中的地位和作用积极贡献力量。
三、特点不同
1、青企会：坚持“服务党和国家工作大局、服务青年企业家成长发展”的宗旨，主动适应时代发展和当代青年企业家特点。
2、青商会：以绿色为主色调，简洁大方。
