在建坝之前，设计师们特地在大坝两边修建了供鱼儿洄游的通道—“鱼梯”，还在较高处设计了人工“鱼池”，可供鱼儿“休息”，以及缓冲高处下来的水流。
这样一些鱼儿就可以通过“鱼梯”一步步洄游到上游，但还是有许多鱼不可能进入如此复杂的人工洄游通道。
所以，只能进行一些人工的保护措施来维护长江流域鱼类种群多样性，比如通过鱼类驯养救护中心，修建鱼类自然保护区，人工养殖放流，人工制造洪峰等等。
为了更好的保护鱼类，三峡大坝主要的措施是建立珍惜特有鱼类驯养救护中心和保护区，将珍惜的鱼类保护起来，避免灭绝。对于其他无法洄游的鱼类，三峡大坝也有相应的措施帮助它们。比如说，在大坝的两端修建可供鱼类“歇脚“的鱼池，这样一来鱼类就可以通过鱼梯翻越大坝开启正常的洄游之旅。还有一个方法是人工繁殖，进行放流。
