首先，性质不同。房屋抵押权设立登记属于本登记，其登记具有终局效力。而房屋抵押权预告登记属于预备登记，并非终局性的，其最终要么消灭，要么转为房屋抵押权设立登记。
第二，发放的权利证明文件不同。房屋抵押权设立登记之后，房屋登记机构应当给抵押权人发放房屋他项权证书或房地产他项权证书。而房屋抵押权预告登记完成之后，房屋登记机构发放给预告登记权利人的是预告登记证明。
区别如下：
预告登记指当事人签订买卖房屋或者其他不动产物权的协议，为保障将来实现物权，而按照约定可以向登记机关申请预告登记。如在商品房预售中，购房者可以就尚未建成的住房进行预告登记，以制约开发商把已出售的住房再次出售或者进行抵押。
预抵押登记制度，就是在购房者与开发商的购房合同、购房者与银行的借款合同签定的同时，在房管局的备案系统上立即生成预抵押登记，以排斥第三人对房产的行使权利。
