花芽分化是指植物茎生长点由分生出叶片、腋芽转变为分化出花序或花朵的过程。 花芽分化是由营养生长向生殖生长转变的生理和形态标志。这一全过程由花芽分化前的诱导阶段及之后的花序与花分化的具体进程所组成。
一般花芽分化可分为生理分化、形态分化两个阶段。芽内生长点在生理状态上向花芽转化的过程，称为生理分化。 花芽生理分化完成的状态，称作花发端。此后，便开始花芽发育的形态变化过程，称为形态分化。
棉花滴水出苗后，由自养转为异养（根系吸收土壤养分）经过18-20天营养生长后，棉花生出完整的第三片真叶后，棉花开始花芽分化。
