1、聘任制干部适用于事业单位，合同制工人适用于各类企业。
聘用制是近几年事业单位人事制度改革的产物，反映了事业单位的用人制度。
2、目前事业单位仍在改革当中，作为聘用合同一方当事人的用人单位尚不是完全意义上的独立的市场主体，这一点与企业已在改革中成为独立的市场主体也有所区别。
3、按照国务院各部门的职能分工，目前，事业单位和企业分别由国务院人事部和劳动保障部对其进行宏观政策指导和监督。这一体制有利于分工负责，也产生一些弊端。聘用合同实施过程中，有关部门的宏观政策协调、工作协调以及对具体执行政策的区别与衔接的把握，对于从整体上推进事业单位和企业的改革，维护社会稳定是十分重要的。
合同制：企业、事业单位通过签订合同招收的短期性工人。合同一般采取书面形式，内容包括时限、任务及共同遵守的各项义务等。
聘用制：以合同的形式确定事业单位与职工基本人事关系的一种用人制度，即事业单位工作人员在本单位的身份属性通过与单位签订聘用合同确定。
两者之间还是有很大差别的，聘用制干部的原来身份也可以是干部身份，也可以是工人身份但合同制工人他就是合同制工人，没有别的情况。
