工作性质不同。
研究员是在科研究院所从事科研工作的。其职称为正高级。从事科研工作的职称由助理研究员，副研究员到研究员。相当于大学正教授。
而高级工程师大都是在企业从事技术工作的。一般是副高级职称。教授级高级工程师才算是正高级称。
区别是技术职称系列不同，职称级别也不同。研究员是研究系列的高级技术职称。高级工程师是工程技术系列的高级技术职称。研究员职称相当于教学系列的教授职称，是正高级技术职称。高级工程师职称相当于教学系列副教授，是副高级技术职称。近些年为了解决工程技术系列没有正高技术职称问题，人事部门在工程技术职称系列设立了研究员级高工，或教授级高工。
