万历朝张居正时代的指挥使是刘守有，他是名臣子弟，出身好。后期是骆思恭，到天启四年，在“移宫案”中出了大力，可惜被魏忠贤陷害。接任指挥使的是田尔耕。
万历初期，朱希孝为锦衣卫指挥使。其对权力的行使可谓规规矩矩，不扩大事态，严格遵守规矩，对事物的处理比较谨慎。万历十年，刘守为锦衣卫都督，其与东厂狼狈为奸，作威作福，虽对锦衣卫的发展产生不利的影响，造成了锦衣卫与东厂互利互惠、相互合作的局面。万历后期，神宗久久不理朝政，此时非法羁押、长期监禁的情形普遍存在。此时锦衣卫权力不及东厂之势。
洪武十五年（1382 年），朱元璋设置锦衣卫。初始职能为三项：其一，守卫值宿其二，侦察与逮捕其三，典诏狱。此三项职能在一段的时期内并未设立供其稳定实施的制度。
洪武二十年（1387 年），朱元璋认为锦衣卫有滥用职权，依势作宠之态，便此时至洪武二十六年（1393年）将内外刑狱从锦衣卫职责中废除，交由法司处理。
