职责不同，权利不同以及掌管人不同。
1、职责不同。
金陵卫是沿袭汉朝“执金吾”一名，掌管皇帝卫队，主要责任是护卫皇帝，巡查京城。
锦衣卫是特务机构，主要是用来监视群臣的。
2、权利不同。
宋有左右金陵卫上将军、大将军等官，无实职。
锦衣卫有侦缉刑事的权利，皇帝特许其搜集情报，侦缉抓捕。
3、掌管人不同。
左右金陵卫，设大将军、将军及长史、诸曹参军，与其他各卫相同。以后又是增设上将军，掌宫中及京城日夜巡查警戒。
锦衣卫是明朝专有军政搜集情报机构，前身为明太祖朱元璋设立的“拱卫司”，后改称“亲军都尉府”，统辖仪鸾司，掌管皇帝仪仗和侍卫。
