我国城乡饮用水安全保障工作存在的主要问题是，水源地水质状况不容乐观，部分地区供水能力不足，供水水质不达标问题突出，体制机制有待健全，法律法规和配套政策急需完善。其中，部分地区供水能力不足主要是因为，水资源配置体系和水源工程建设严重滞后，供水安全保障程度不高。
一些地区尤其是西南地区水源工程建设严重滞后，工程性缺水问题十分突出西北等地区资源性缺水问题长期得不到解决，水安全保障程度与经济社会发展的要求不相适应。城乡供水应急备用水源严重缺乏、保障程度不高，特别是应对持续和严重干旱的能力较弱。此外，城镇供水设施发展不平衡。
一些城市供水设施不足导致自建供水设施无序发展，供水水质安全无法得到保障中部和西部地区城镇供水普及率均低于全国平均水平
