海瑞执法公正，明断是非，为世人所称道。淳安县村民胡胜祖与邵时重因山地而起纠纷，不久胡因病死亡。胡的两个兄弟抬尸到县衙告邵为争地打死胡，要求海瑞惩办凶手。海瑞派县丞主持验尸，尸体留有伤痕和血迹，可邵时重只承认有争执而始终否认伤人。海瑞亲自对案情调查研究并对尸体复验，发现尸骨上的血迹“活而不凝”，他用水洗，用瓦刮，详细检验伤痕，终于弄清伪造的血迹和伤痕，明断了案情，依-处胡胜荣兄弟诬告罪行。海瑞巧断疑案，明察秋毫，由此遐迩闻名。邻近的桐庐、建德、道安等县，凡经知县、知府、巡按御史审而未结的大案，常请海瑞会审或合审。几年中，海瑞平反了一批冤案。
明朝中后期，官吏腐败，凡京官过境，县里都要送“常规银”。一般官员经过送二三十两，巡按御史要送一二百两，巡抚出巡则送银多达三四百两。海瑞上 书巡按御史崔栋，要求废除“常规银”。经海瑞力争，崔栋只好批示：淳安地瘠民穷，准予酌情办理。有人劝海瑞随波逐流，不然会招致祸患，海瑞无所畏惧。有一次，总督胡宗宪的公子经过淳安，仗势欺人，嫌驿站的马骑不称心而-驿吏，将其倒挂树上。海瑞得知后，借总督巡查时再三布告，要求地方不要铺张浪费，把胡公子所带几千两银子充公交国库，并写信说明情由连人带行李送交胡宗宪，胡宗宪气得说不出话来，但怕事情闹大，只好忍气吞声作罢。
