柠檬的起源是个谜，但是普遍认为其源自印度南部、缅甸北部和中国。一项针对柠檬基因来源的研究表明，柠檬是枸橼和苦橙的杂交体。
根据犹太历史学家弗拉维奥·约瑟夫斯的记载，在公元前90年代耶路撒冷的犹太人在某一节日上会对犯下错误的牧师扔掷柠檬，虽然犹太人传统上是使用枸橼而柠檬。古罗马时期，在不晚于公元1世纪时柠檬就从意大利南部进入欧洲，但是当时对柠檬的培养并没成功。在公园7世纪左右柠檬被先后引入到波斯、伊拉克和埃及。柠檬第一次出现在文字记载中是在10世纪的一部关于农业的阿拉伯语的着作中，那时柠檬也被用作景观植物来装饰伊斯兰园林。在1000年至1150年间，柠檬在阿拉伯世界和地中海地区被广泛地运输。
