主要区别是，科目分类不同、外形特征不同、饲养特点不同，具体如下：
一、科目分类不同
1、巧克力娃娃
中文学名黑带龙脊鲀。属鲀形目、四齿鲀科、龙脊鲀属、黑带龙脊鲀种。
2、潜水艇鱼
中文学名暗绿鲀，别称潜水艇鱼，小艇，金娃娃，斑点绿河鲀，深水炸弹鱼。属鲀形目、四齿鲀科、鲀属、黑青斑河鲀种。
二、外形特征不同
1、巧克力娃娃
体长约3.5cm。天蓝色的眼睛配上短短的身材和圆滚滚的肚子，活像一个太空人。身体颜色会随着情绪、光线变化而变化，一会深黄、一会淡黄，背上几块墨黑的斑纹随着体色变化形成一个鲜明的色彩组合。成熟雄鱼腹部有条咖啡色的线，眼后有皱折，体色较黄。雌鱼则体态浑圆。
