用自来水泡水稻种子有很大的影响不利于发芽，因为自来水都是经过处理过的。
应该水源选用：优先选用清澈无污染河水最好，切勿水温偏低井水和自来水使用井水或自来水极易造成水稻种子“感冒”，对水稻出芽影响很大。而河水温度刚好适合水稻种浸种（20°C左右）。
药剂使用：建议采用药剂浸种，包衣种子除外。清水浸种6小时后，使附在种子上的病菌孢子萌动，再进行药剂杀菌。目前常用的药剂有25%咪鲜胺2000-3000倍液（即2ml兑水5公斤，浸种4-5公斤）浸种6小时。或用500倍强氯精（2克强氯精兑1公斤水）浸种6-8小时后，消毒药液应高出种子表面一寸（消毒期间不换水），然后把稻种用清水反复冲洗，把残留药液冲洗干净。（根据说明书使用）
因为自来水里含有消毒剂--氯，如果浓度大会腐蚀种子的嫩芽，对种子发芽不利
浸泡种子使用磁化水最好，可以提高种子出牙率，促进种子生长。
用自来水没有这种效果，而且含有消毒剂可能不利于种子发牙。
用自然界的水，没有污染的河水和井子都可以。
