巴赫是在1750年7月28日合上双眼离开人世的。事实上巴赫最终的死因在医学上的原因为何，迄今尚无明确的具有说服力的根据。但是，各种记载表明巴赫苦于眼疾的折磨，视力底下直接影响到日常的作曲和所任职的托马斯教会的指挥工作了。有一些分析认为，迹象表明巴赫自进入中年，便开始患有白内障了。到了晚年，症状明显加深，最终到了1749年临终的前一年几乎变得失明了。值得一提的是，巴赫家族中同辈中还有堂兄瓦尔特(Johann Gottfried Walther， 1784-1848)和堂弟约翰·恩斯特·巴赫(Johann Ernst Bach， 1683-1739)都曾是眼疾患者，都在晚年因眼疾而失明的。当然，如果巴赫确实没有患有其他疾病的话，严格地说即便是再严重的白内障病状，离开死亡还是有很大的距离的。事实上CPE.巴赫(Carl Philipp Emanuel Bach， 1714-1788)的[故人传略](Bach CPE， Agricola F. Nekrolog auf Johann Sebastian Bach)中也谈到此时巴赫除了眼盲外，身体十分健壮。那么唯一可以将巴赫推上死亡境地的就是在死前四个月时所作的眼科手术了。巴赫的眼疾早在1749年就为莱比锡市政当局所担心，并且为托马斯教会的指挥的后继人选开始着手准备了。某种意义上说，巴赫的病状已经为市政当局所了解了。并可以从市政府的这些记录了解到巴赫的眼疾已经影响到了他的工作的。到了第二年的3月恰巧一位名叫<a href="_Taylor_(oculist)">约翰.泰勒</a>(John Taylor， 1703-1772)的眼科医生来到莱比锡大学讲授眼科疾病的医疗技术。并且在多名自愿者中选择病人作示范手术。其中巴赫经多人劝说成了泰勒的一个开刀对象。现在有一种说法怀疑泰勒的身份与外科手术的能力。认为这位泰勒医生是一个巫医。然而经查证此人确实是伦敦某家医院的医生，并且发明了一些用于白内障手术的医疗器戒而留下了名气。至于有多少眼外科手术的水平实在是无从考证了。反之，在18世纪中叶的时代里，白内障的外科手术决非便当的手术这也是不言自明的事实吧。当时的手术方法相当简单，就是使用金属棒状的钳子刺入眼球，并且在眼球内探找玻璃状晶体，调整其位置的方法。手术当然需要麻醉方可进行。然而巴赫所动的那次手术或许是在没有麻醉的情况下完成的。原因是还没有一种可靠的麻醉技术。接下来便是可以想象的结果了。病人所承受的痛苦是我们现代人永生难于体会到的皮肉之痛苦了。这样的手术起码需要二、三人的助手，除了要固定住病人，还要将病人的眼皮固定住，简直是一幅难于想象的混乱场面。如果主刀医生能够在这种条件下动好手术的话，那么这样的医生绝对是一流的，估计即便是现代的医生也不会有这样的水平了。……巴赫的手术在3月28-31日和4月1-7日进行了两次。可以想象就是在上述的混乱状况下草草结束的吧，成功率相当低的同时，由于手术而造成炎症的几率反之不会低于80%上。那是一个没有抗菌素的年代，如果由于手术而诱发炎症的话，接下来的事便是不可收场了，炎症导致高烧，最终变成败血症而死亡。估计，这就是导致巴赫最终死亡的原因了。CPE.巴赫在[故人传略]中对此还作了这样的描述：手术并没有能让病人从眼疾解脱，由于手术造成的疼痛和炎症需服用大量的药物，导致身体其他器官受损。就这样巴赫此后半年一直遭受着病痛的折磨。7月28日夜晚8时许，65岁的巴赫离开了人世。三天后的清晨被安葬于圣约翰教堂的墓地。……1950年巴赫去世200年的纪念年里，当时的东德政府将巴赫的遗骨安设于了圣托马斯教堂内。
