出水管口建议用丝袜封住做第一道过滤，之后按顺序在第一格滤槽中放入白色过滤棉→黑色过滤棉→藤棉→陶瓷环等，白棉放前面是为了观察过滤情况更直观。这个滤格如果要求简单，只放黑白滤棉也可以。第二格滤槽依次放藤棉→生化球→陶瓷环→细菌屋等，中间分别用白棉分开，这是为了便于掌握滤材的硝化细菌着床情况，有需清洁时仅冲洗白棉就可以了。
过滤的工作流程是这样的：缸内的水通过网孔被导入过滤槽，水经过过滤系统的过滤，再由水泵将水抽回鱼缸，在这个过程中，经历了物理和生化两种水质过滤形式，并在生化过滤中喂食了硝化细菌，水质的安全性也得到巩固。
