医保卡余额负数的处理方法如下账户余额为负数不需要转移。只要你医保当月没有处于欠费状态，医保卡为负数也是可以结算的，医保卡在医院只是作为一个凭据，里面有钱了可以扣里面的钱，没有的话就直接支付，可以不用医保卡。
需要定点单位的工作人员进行手动上传，才能使相关数据传输到中心数据库，再进行个人账户的冲减。
因为您还在交费，负数可由以后个人缴费的部分填补，您不必担心。您需要做的只是正常缴费即可。
有部分参保职工的医保账户余额成为了负数或者较之系统升级前有所减少，造成这种情况的主要原因是：原来的职工医保卡有存储功能，医保个人账户缴费到账后，参保职工首先需要将职工信息系统中个人账户到账金额充值到医保卡后，再使用医保卡刷卡购药。
