有区别，主要是依据和范围不同：
公司章程修正案是根据《公司法》来制定的，用来约束公司股东，高管，员工等人的管理性质的一个法律文件，也称为“公司的宪法”，是公司一切规章制度的一个总根源和依据。
股东会协议是根据《合同法》来订立的，用来规定如何组建公司的合同，约束各个股东，决定公司经营方针和投资计划等等。
区别是前者也是股东会议通过的决议之一。章程修正案也依法也需经股东会议通过决议方为有效，而股东会议决议除此之外还包括其他许多事关企业重大事项的决议
章程修正案和股东决议是有区别的。章程修正案指向性很明确，是对章程修正的议案。而股东决议是讨论对某个事项作出决议，这和章程修正案不同。
