一、科目分类不同
1、燕子鱼
燕子鱼又名斧头鱼，属脊索动物门、脊椎动物亚门、脂鲤目、胸斧鱼科。
2、神仙鱼，又名铁饼、七彩燕，属脊索动物门、脊椎动物亚门、鲈形目 、慈鲷科。
二、形态特征不同
1、燕子鱼
体长一般5～6厘米，体形别具一格，头小，眼大，侧扁，从头沿脊背至尾柄较平，口吻部向下，腹部很大，成弧形往上收，形似一把刀或一把斧头，故名斧头鱼。
2、神仙鱼
鱼长约15-20cm，身体侧扁，彩虹般的红蓝条纹成扭曲状遍布全身，像一块巨大的玛瑙。神仙鱼的背鳍及腹鳍亦特别发达，身上的花纹可一直延展到鳍上。尾部呈扇形，无色透明。
体色受光照影响产生变幻，光暗时体色深暗光线明亮，则色彩艳丽丰富，条纹满身。体和鳍难以分辨，酷似田径场上的铁饼，故英文名其为“铁饼”。
