内涵不同：按照《辞海》的解释，“体制”是指国家机关、企业和事业单位在机构设置、领导隶属关系和管理权限划分等方面的体系、制度、方法、形式等的总称 “机制”原指机器的构造和运作原理，借指事物的内在工作方式，包括有关机构组成部分的相互关系以及各种变化的相互联系。
两者的中心语和使用范围不一样，“体制”指的是有关组织形式的制度，限于上下之间有层级关系的国家、国家机关、企事业单位，例如经济体制、政治体制、教育体制、体制改革等“机制”由有机体喻指一个工作系统的组织机构或部分之间相互作用的过程和方式，例如市场机制、竞争机制、用人机制等。
