1、直接测定：按照目的基因组成制作DNA分子探针进行配对。
2、mRNA测定：根据目的基因组得出其转录的mRNA组成，利用探针检测。
3、蛋白测定：可应用PCR相应技术测定目的基因翻译的相关蛋白，也可采用免疫化学法导入蛋白抗体检测蛋白。
对目的基因进行鉴定和检测的多种方法：
基因鉴定技术是一项生物学检测技术，人体细胞有总数约为30亿个碱基对的DNA，每个人的DNA都不完全相同，人与人之间不同的碱基对数目达几百万之多，因此通过分子生物学方法显示的DNA图谱也因人而异，由此可以识别不同的人。
所谓“DNA指纹”，就是把DNA作为像指纹那样的独特特征来识别不同的人。由于DNA是遗传物质，因此通过对DNA鉴定还可以判断两个人之间的亲缘关系。
基因鉴定的原理其实是DNA分子杂交，这种分子杂交是在缓冲液中进行的，由于DNA分子杂交时，两个分子相遇的机会不是很大，所以就需要众多的带有目的基因的DNA与待测的DNA分子。
而PCR技术就是将目的基因进行扩增的一种技术手段，所以在进行基因鉴定时并不是直接进行鉴定的，而是先进行PCR技术将目的基因扩增再进行鉴定。
