第一，植物色素主要存在细胞中的液泡里，如花青素。花青素之所以存在液泡中，是因为花青素是水溶性的，而液泡中含有大量的水，根据相似相溶原理可知，花青素存在液泡中。
第二，植物色素还会存在叶绿体中，如进行光合作用需要用到的色素（胡萝卜素，叶黄素，叶绿素a，叶绿素b）就存在叶绿体中，因为叶绿体是进行光合作用的场所。
色素存在于细胞的液泡里。色素是赋予一定颜色的原料，人们选择商品往往凭视、触、嗅等感觉，而色素是视觉方面的重要一环，因此色素用得是否适当对制品好坏也起决定作用。
液泡不是植物细胞的特有结构，只不过是植物细胞的液泡较大、液泡之间差别也较大而动物细胞的液泡较小、液泡之间差别也不显著或有的动物细胞的液泡不明显。因而课本里的动物细胞亚显微结构模式图上不画上液泡。但不能说动物细胞没有液泡，更不能说液泡是植物细胞的特有结构。早在30年代已提出了液泡系的概念，它包括高尔基液泡、溶酶体、圆球体、微体、自体吞噬泡、残质体、胞饮泡、吞噬泡、糊粉泡、中央泡、收缩泡等。认为凡是由膜包围的小泡或液泡都可算做液泡系内，它们是动植物细胞的组成分之一。
植物色素包括脂溶性的叶绿体色素和水溶性的细胞液色素，前者存在于叶绿体，与光合作用有关，如叶绿素后者存在于液泡中，特别与花朵的颜色有关，如花青素属黄酮类物质。
