有区别。
1、办理条件方面会有所不同
下面以北京为例：
按照北京市公安局的规定：公安机关不受理团队办理港澳通行证，只受理个人申请。
北京市户籍居民或符合异地办证条件的非本市户籍居民参加国家旅游局指定旅行社组织的团队赴香港或者澳门旅游，并随旅游团出入港澳地区，办理团队旅游签注申请个人赴香港或者澳门旅游的，办理个人旅游签注。
2、出境情况不同
个人签证可以自由出入境，团队签证必须跟团出境。
也就是说，公民若是跟团出境，则必须是团队签注。个人前往，则应是个人签注。
参考资料：
签发《往来港澳通行证》及签注
