一，含义不同
1，首府：“首府”为民族自治地方的行政中心，中国自治区和自治州的行政中心都称作首府。
2，首都：对一个国家的政治中心和中央政府所在地的称呼。
二，词源不同
1，首府：来自于中国古代的行政区划，省下面设有若干个“府”（prefecture），而省行政中心所在的府为“首府”、，故而首府原来指head prefecture，也就是从行政级别上是低于省的府一级，其特殊之处为省政权机关驻地。
2，首都：1927年（民国16年），民国政府定都南京，同年将南京城区、上海城区改为“特别市”分出江苏，南京称为首都，至此中国第一次有了“首都”的称呼。
三，主要城市不同
1，首府：
乌鲁木齐市：乌鲁木齐为新疆维吾尔自治区首府。
银川市：银川为宁夏回族自治区的首府。
2，首都：
北京市：北京为中华人民共和国首都。
