注入河流
色楞格河发源于蒙古境内库苏古尔湖以南，中国唐代译名仙娥河、仙萼河，元代译名薛灵哥河，由伊德尔河和木伦河汇合而成，该河流向东北，与鄂尔浑河汇合于苏赫巴托尔以下才称为色楞格河，继续北流，进入俄国境内转向东，到达布里亚特首府乌兰乌德。河水从此处向北流到塔陶罗沃，再向西弯转，流经一片三角洲，注入贝加尔湖。全长1024千米，流域面积945480平方千米。
流出河流
湖中流出的则仅有安加拉河，其年均流量仅为1870m3/s，该河先北流，后折向西，流经中西伯利亚高原的南部，在斯特列尔卡村附近注入叶尼塞河。长1779千米。流域面积104万平方千米。主要支流有伊尔库特河、奥卡河、伊利姆河等。
与贝加尔湖相通的河流是叶尼塞河。
在贝加尔湖周围，总共有大小336条河流注入湖中，最大的是色楞格河而从贝加尔湖中流出的则仅有安加拉河安加拉河下游称上通古斯卡河，是叶尼塞河水量最大的支流。
