鹦鹉鱼在幼鱼期很难分辨公母，只有成年以后才比较容易分辨，饲养者可以根据以下几点来判断：
1、体色：公鹦鹉鱼的体色会比较红，母鹦鹉鱼的体色会稍微暗一些，而且母鹦鹉鱼容易褪色或变白，饲养者仔细观察一下就可以看出区别。
2、外形：首先公鹦鹉鱼的背鳍和臀鳍是又尖又长的，有的还会长过尾鳍。母鹦鹉鱼的背鳍和臀鳍是比较短的。其次再看生殖孔，母鱼的生殖孔比较大，而且比较明显，公鱼的生殖器突出的部分很少，不仔细观察很难发现。最后看腹部，一般公鱼的肚子是扁平的，母鱼的肚子是圆滚滚的，尤其是到了繁殖期，会非常明显。
3、性格：公鹦鹉鱼的性格比较凶猛好斗，看起来也比较活泼。而母鹦鹉鱼看起来就相对安静一些，虽然也有争斗，但是不如公鱼那么频繁
蓝迷你鹦鹉鱼可以通过体色来分辨公母，正常情况下，公鱼的体色会更加鲜艳，母鱼的颜色会相对浅一些或暗一些。
看性格：宝蓝迷你鹦鹉鱼公母的性格也不同，公鱼的性格活泼，母鱼的性格温和。
看鱼鳍：还可以通过鱼鳍来判断，公鱼的鱼鳍长，母鱼的鱼鳍短。
看生殖孔：母鱼的生殖孔是U形的，公鱼的是V形的。
公鹦鹉背鳍、臀鳍略尖长，有时能超过尾鳍。母鹦鹉一般不超过尾鳍。
公鹦鹉比较好斗，起头的可能性略高。母鹦鹉在产卵前也会突然起头(不是绝对的)。
