不论用棉籽饼或棉籽，都万万不可直接做肥料直接施加到农作物的地里，必须要通过充分腐熟发酵后才能使用。
腐熟发酵方法：厩肥或动物粪肥与棉籽或棉籽饼的比例不小于一比一（厩肥量宜多不宜少），兑水充分拌匀，加水量以抓在手里不滴水为宜，堆好并踏实，上面用塑料布盖严，大约30-60天才行，发酵好的混合肥成粉粒状，不粘不连。这时候棉花籽做成的肥料就可以在土地上施用了。
大棚里不可以用棉籽做肥料，因力棉籽热量大，容易使土壤板结。
棉花种不能当大棚肥料，大棚种植本来就受到的条件多，有温度、湿度还有养分等，棉花种要是不能用了发酵下还是可以当肥料或者棉花种榨油后的废料也能当肥料，不过我这种的十个大棚用的是摩尔水溶肥，对蔬菜生长长势增产明显，黄瓜上用过增产高达30%多。
