莲花池的水从玉渊潭八一湖引永定河引水渠来水进湖。
莲花池的前身西湖，自古以来就是蓟城（后称幽州、燕京）的主要水源。历史地理学家侯仁之先生说：“北京城的成长和莲花池的关系至关重要。”
莲花河，即古代洗马沟，位于广安门西，水源来自莲花池泉水，曾是金代中都城的内河，原属凉水河水系，明代建筑南城开挖南护城河时，将莲花河截入南护城河，纳入通惠河水系。但因河身浅，河床高，河的西部地势洼下，排水入河十分困难，故沿河排水沟渠多设待机排水闸门，防止河水倒灌。1953年后，城市建设发展很快，新建入河的下水道15条，每到汛期河水泛滥，危及人民安全将莲花河直接汇入凉水河（与南护城河脱离）。
1952年，在莲花池上游开辟新开渠，引石景山和北京新市区的雨水（后基本为污水）入莲花池。
1980年代，因上游工业污染使湖水变质发臭。1992年，污水被引入暗沟。自此，失去来水的莲花池有名无实，并逐渐被垃圾、渣土掩埋。1998年，丰台区投资3500万元，启动恢复改造莲花池工程。从玉渊潭八一湖引永定河引水渠来水进湖。
