一是冰情难以准确预测。北极海冰加速融化已是公认的趋势，但具体海冰范围和变化情况尚难准确预测。不确定的冰情是安全航行的最大威胁。
二是环保航行要求极高。北极生态环境脆弱，一旦遭到破坏，恢复难度极大。因此，北极沿岸国家均对船舶安全环保航行提出了高标准的要求。
三是基础设施滞后。北极航道的安全环保航行依赖可靠的基础设施作为保障，包括气象和水文数据、破冰船护航、通讯以及事故救援等，但目前这些基础设施远不能满足船舶安全环保航行的需要。
四是运输效率较低。由于北极航行存在诸多不确定因素，船期难以保证，不利于对船期要求严格的集装箱船通行。同时，受国际贸易结构制约，货船在返程时配货困难，只能空船返回。这些因素对运输效率和运营收益影响较大。
