根瘤菌（Rhizobium）主要指与豆类作物根部共生形成根瘤并能固氮的细菌，一般指根瘤菌属和慢生根瘤菌属两属都属于根瘤菌目。
根瘤菌细胞皇杆状，有鞭毛和荚膜，不生芽孢。革兰氏染色阴性。在根瘤中生活的菌体呈梨形、棍棒形或“T”“X”“Y”等形状，这种变形的菌体称类菌体。每种根瘤菌都只能在一种或几种豆科生物上形成根瘤，建立共生关系，表现出各自的专一性。
根瘤菌侵入寄主根内，刺激根部皮层和中柱鞘的某些细胞，引起这些细胞的强烈生长，使根的局部膨大形成根瘤根瘤菌在根内定居，植物供给根瘤菌以矿物养料和能源，根瘤菌固定大气中游离氮气，为植物提供氮素养料，两者在拮抗寄生关系中处于均衡状态而表现共生现象。
根瘤菌不需要防治，因为根瘤菌和植物是共生的，对植物的生长起到非常大的作用。
