鸣人知道水门是他爸爸

在动画388集的时候知道的。

鸣人在精神世界中和四代火影波风水门相遇。 水门之前就设计好在鸣人八尾出现，封印即将解除之时，便会出现在鸣人的意识中。得知四代正是自己亲生父母的鸣人，悲喜交加，向父亲讲述了自己全部的感受，得到父亲的鼓励，鸣人抛下迷茫，坚信能够找到自来也所说的答案，回到了佩恩所在的现实世界。最后打败佩恩。