北京地铁S6线属容于远程规划线路，连接顺义、通州、亦庄3座重点新城， 具体规划站点尚未明确，以下为北京地铁2020年版规划线路中的S6号线经过站点：
三号航站楼站：换乘机场线、机场联络线 位于首都机场三号航站楼南侧
徐辛庄站：位于徐尹路与京承铁路交口东
月亮湾站：位于京榆旧线与芙蓉东路交口 预留换乘R1条件
新华大街站：换乘6号线 位于新华东街与滨河北路交口北
通州火车站：位于现状通州火车站
九棵树站：换乘1号线位于京塘路与九棵树西街交口南
大稿村站：位于九棵树西路与怡乐中路交口
亦庄火车站：换乘亦庄线位于亦庄火车站东侧
