非同源染色体和非等位基因是两个不同的概念。非同源染色体是指起源不同，形态结构不同的染色体。在高等生物细胞中，除了成对的同源染色体外，其它的染色体都是非同源染色体。等位基因，是指位于同源染色体上相同位置上，控制相对性状的一对基因。在真核细胞里，除了等位基因，其它基因之间的关系都是非等位基因（包括同源染色体上的非等位基因和非同源染色体上的非等位基因）。
非同源染色体非等位基因的概念
非等位基因就是位于同源染色体的不同位置上或非同源染色体上的基因，如：高茎基因D与红花基因C。非同源染色体上的非等位基因在减数分裂过程中自由组合，产生不同基因组合类型的配子。
