申请退款时商家能退保证金吗

不能。根据中华人民共和国民法典规定，购买人与商家就货物买卖达成协议，为了保证协议履行，购买人向商家支付了保证金，保证购买按照协议履行。

如果购买人违约，不再购买货物，要求退款，则保证金不退。如果商家违约，则应当退保证金。