H2S在水中含量为0.5毫克/升时即可觉察出它散发的臭气。地表水中一般很少含H2S，如果发现，大多可判断为受废水污染。废水中的有机物含硫，在缺氧条件下可生成H2S。无机的硫化物或硫酸盐在缺氧条件下也可还原生成 H2S。人造丝厂、硫化颜料厂、煤气发生站等的废水中，每升废水中的硫化氢含量可达数十到数百毫克。在有氧条件下，H2S可发生化学氧化。硫磺细菌和硫化细菌可把H2S转化为硫酸根离子或硫。
水中的H2S分子可以电离成为HS等形态，各种形态所占的比例同水的pH值有关。当pH值较低时，H2S含量高，易散发臭味。pH值较高时，多以S2-的形态存在。 含H2S的水除发臭外，对混凝土和金属都有侵蚀破坏作用。作为生活饮用水或工业用水的水源，水中的H2S应完全去除。水中H2S含量超过0.5～1.0毫克/升，对鱼类就有毒害。
